至于新发传染病，因为“新”，所以确认时间长。相应地，填卡时存在不少难题，如新发传染病属于什么病种？是什么原因导致的？仅仅是发现疑似病例，有无填写必要？还有医生表示，新发传染病流行初期，如果病人增多，医生可能无暇顾及填写上报信息。
北京大学公共卫生学院教授、中国疾控中心首任主任李立明建议，传染病上报系统应该注重新发传染病的监测和报告。
此外，还要提升基层医疗机构诊断新发传染病的能力。上海复旦大学附属华山医院感染科主任、上海市新冠肺炎医疗救治专家组组长张文宏撰文称，此次新冠肺炎的重要启示是，各大医院体系建设第一关是要有对常见病原体有很强诊断能力的科室。
“要有强大的传染科和临床微生物科体系，建立强大的基层医院防控体系。”在张文宏看来，基层医院防控体系除了有隔离病房外，还要有一支具备扎实感染性疾病防控知识的队伍，强化一线医院的疾病识别能力。
完善管理，做好监测研究
在牛俊奇看来，实行独立的疫情报告责任制很有必要。
有专家建议，要高度重视不明原因传染病及新发传染病早期的大数据风险监测，充分发挥大数据在此类不明原因和新发不确定风险很高的传染病防控应急管理中的监测预警作用。
“管理方面，疾控系统可以考虑采取垂直化管理。各级疾控中心交由国家统管，有利于及时有效应对突发情况，是可以考虑的举措。”牛俊奇说。
2月27日，钟南山院士谈及新冠肺炎疫情暴露的短板时表示：我们CDC（疾控中心）的地位太低了，只是一个技术部门，CDC的特殊地位没有得到足够的重视，要一级一级上报。
在科学研究方面，牛俊奇建议做好三个方面工作。
一是做好目标动物研究。上个世纪，东北发生过大规模鼠疫，新中国成立后我国加强了鼠间鼠疫的监测，就基本上控制了人间鼠疫的流行。“今后可以考虑扩大监测范围，把更多携带着有可能感染人类的病原体的天然宿主，如蝙蝠、穿山甲、旱獭、果子狸等纳入目标动物进行监测、研究。”牛俊奇说。
二是监测溢出事件中的人类哨兵。动物病毒跑出原本的生态系统可以理解为溢出事件，与这类动物接触比较多的特殊人群包括牧民、猎人、养殖户、野生动物贩卖者、皮毛加工工人等。“比如禽流感预警，可以对禽类养殖人群予以监测。”牛俊奇称。
三是监测一般人群。对普通人群的监测就相当于找到被感染的人群并予以控制，现在的流行病史调查就属于这一阶段，但做起来比较困难。
“综合来说，还是要找到病毒源头，做好溯源工作。”牛俊奇强调，面对新发传染病频繁来袭，控制关口需要前移。