同一天，日本前首相森喜朗在与台湾地区领导人蔡英文见面时表示，菅义伟让他务必转达对蔡英文及台湾各界的问候，还称“期待有机会能（与蔡英文）通话”。对此，日方很快予以澄清，表示此事绝不会发生。有分析认为，这是日本新内阁对中日关系的一次投石问路。
森喜朗与蔡英文举行会晤
9月25日，日本航空幕僚长井筒俊司在记者会上发言称，日空航空自卫队的防空导弹部队将装备更为先进的防空导弹系统。高射队装备了“爱国者”PAC-3导弹和PAC-3MSE（分段增强型）导弹，这两种导弹可以应对弹道导弹的威胁。
10月1日，石垣市正式把该市行政区划所含的钓鱼岛（日本称为尖阁诸岛）地址的名字从“登野城”变更为“登野城尖阁”。市议会6月以多数赞成通过了更改名字的议案，当时，中国大陆和台湾对此表示抗议和反对。
10月5日，日本新任官房长官加藤胜信在记者会上宣称，钓鱼岛是“日本固有领土”,“中国没有为其建立网站的‘资格’”。他还声称已通过外交途径提出“抗议”，要求中方删除网站。加藤胜信所说的网站，是指10月3日开通上线的中国钓鱼岛数字博物馆（ www.diaoyudao.org.cn）。
同一天，日本《读卖新闻》报道称，继美国出台了针对中国留学生及研究人员的“签证限制”后，日本政府明年起也将严格审查赴日留学签证。报道称，这是因为政府担心与国家安全相关的尖端技术会通过留学生“被泄露至中国等国家”。
10月6日，美国国务卿蓬佩奥抵达东京，美印日澳四国外长会议也正式召开，这是两年来四国举行的第二次“四方安全对话”。会上，蓬佩奥重申了中国对于周边国家乃至世界的威胁。菅义伟则称，在世界面临病毒大流行挑战的时刻，建立一个“自由开放的印太地区”极为重要。
10月7日，冲绳县知事玉城丹尼与菅义伟进行会谈，要求保护日本渔民安全作业，敦促日本政府重新考虑与中国签署的渔业协定，并加强相关应对措施。日本官房长官加藤胜信称，“政府接受要求，并将进行充分应对。”
10月9日，日本海上自卫队在南海开展反潜作战演练，出动了“出云”级直升机航母、“苍龙”级潜艇等先进舰艇。尽管其声称此次演练是海自“2020年印度－太平洋部署”计划的一部分，但日本方面派出准航母到南海，显然还有着其它意味，使得地区紧张局势进一步升温。