这也使得日后玄哲海对金正日更加鞠躬尽瘁，全力帮他稳固政权，可以说金家的江山有他一半的功劳。金正日在病危之时，亲手把儿子金正恩交给玄哲海，嘱托玄哲海辅佐金正恩掌权朝鲜，玄哲海与金正恩虽说是上下级关系，但更像是叔侄俩，作为长辈在金正恩很小的时候，玄哲海就非常喜爱金正恩，那时候经常牵着他的手，经过几十年的接触，金正恩知道玄哲海是一个有能力、有忠心的人。
2010年，金正日宣布金正恩为未来的接班人时，朝鲜内部就曾出现过很多流言蜚语，作为当时最高人民会议议员的玄哲海，马上向内部表明了立场，并且全力支持金正恩，金正恩掌握军权之后，他在朝鲜更是身居要职，对金正恩一直都是忠心耿耿，为推动朝鲜的核武试验立下了不朽的功勋，加快了核武器的进展，被誉为朝鲜的当代诸葛亮。
由于长期操劳国事，玄哲海住进了医院，玄哲海住院期间，金正恩经常夜不能寐，每天忙完手头的工作，都会去医院探望。金正恩在接到玄哲海的病危通知时，立即放下手里的一切工作，不顾阻拦赶到医院，表情凝重的坐在老元帅的病床跟前，心里面满是可惜。
2022年5月19日，玄哲海因多个脏器功能衰竭而去世，金正恩为他举行了最高规格的国葬。在朝鲜最高权力的象征425文化会馆为其设下灵堂，中间悬挂着和朝鲜领袖同等级别的超大遗像，在出殡那天，无数的朝鲜人民夹道送行，悼念这位老英雄，金正恩亲自为玄哲海抬棺送葬，将这位三朝元老全程护送到墓园，在下葬时，金正恩十分不舍的走到跟前，旁边的士兵递给金正恩一把铁铲，然而金正恩却把铁铲放回去，亲自蹲下，用双手捧起泥土撒在棺盖之上，