在此次防治新冠肺炎的推荐中成药中，连花清瘟胶囊（颗粒）得到了包括钟南山在内的多位院士力荐。当地时间3月23日，广东汕头大学化学系、南京中医药大学、中科院上海药物研究所新药研究国家重点实验室、香港中文大学（深圳）生命与健康科学学院的研究团队在化学领域预印论文平台ChemRxiv在线发表了一篇研究论文“中药连花清瘟抗新冠肺炎分子机制的理论研究”。论文通讯作者为汕头大学理学院化学系教授陈广慧。
值得注意的是，该研究系首次报道连花清瘟（Lianhua Qingwen Formula，LQF）作为新冠肺炎治疗中抑制剂的分子机制。作者们得出，连花清瘟可通过关键分子激活的抗病毒、抗炎等协同作用减轻新冠肺炎的症状。
他们将连花清瘟中21种化合物和新冠病毒的主要蛋白酶对接打分（docking score），结果显示芦丁（Rutin）、连翘脂苷E（Forsythoside E）、金丝桃苷（Hyperoside）的分数均优于洛匹那韦（Lopinavir）。其中，金丝桃苷可能是对新冠病毒主要蛋白酶最可能的抑制剂。
连花清瘟是石家庄以岭药业股份有限公司（下称“以岭药业”，002603）在2003年SARS期间研发的中药新药。论文中提到，连花清瘟以预防和治疗病毒性流感为目标，2003年在中国获得专利，2015年通过美国FDA II期临床试验。
由于在治疗新冠肺炎时被认为表示出良好的临床疗效，国家卫健委发布的新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第四版-第七版）中，连花清瘟均被推荐使用。适用于处于医学观察期临床变现为乏力伴胃肠不适或乏力伴发热的患者，方案推荐口服连花清瘟胶囊（颗粒）。
然而，截至目前，然而，连花清瘟抗新冠病毒的分子机制尚不清楚。
鉴于疫情的快速蔓延，针对新冠病毒的药物研发非常急迫。作者们指出：需要注意的是，中医药在中国具有悠久的防治各种疾病的历史，它是通过多种有效成分靶向调节多种疾病相关通路来实现的。
除此次对付应用于新冠肺炎治疗之外，此前在其他病毒抗击中叶被认为有所疗效。2003年，中国军事医学科学院曾经开展了连花清瘟抗SARS冠状病毒的研究，结果表明，连花清瘟胶囊可以在体外抑制SARS-CoV病毒。此前，也有研究团队认为，在治疗甲流H1N1时，连花清瘟和奥司他韦具有相同的作用。
不过，作者们也指出，尽管中药在中国广泛用于病毒性肺炎的防治，但人们对中药的作用机理和有效成分仍存在一些疑问。