表面看来，搁置主权争议是“台湾现阶段处理两岸问题的最高指导原则”，无可挑剔。不过，南海主权之争，并非两岸之间的对立，而是两岸与菲律宾、越南、印度尼西亚、马来西亚等国之间的冲突。台湾固然可以坚持对这些地区海域的“主权”，也应该跟大陆继续就这些领土主权的归属搁置争议，但在此时此地，对于本属中华民族拥有的南海，两岸为什么不能携手合作，共同维护主权？共同开发资源？
大体而言，台湾之所以对南海主权争议一贯采取中立缄默态度，其原因不外有三称第一，南海诸岛距台湾太远，力有未逮。台湾距东沙群岛240浬，距太平岛860浬，一旦有事，空中快反部队及海上驰援，分别需要1到4个小时，届时战事可能已结束，所以台湾对相关争议，一向是以“外交斡旋”及国际法律组织协助处理为主要原则；第二，台湾将南海议题视为政治范畴，而且属于并无迫切处理必要的困难问题，加上中国大陆过去始终反对台湾参与未来南海区域安全对话及合作机制的讨论；第三，东盟国家敢于跟大陆呛声，甚至捋虎须，无非仰赖美国撑腰，台湾若与大陆连手捍卫南海主权，形同与美国对抗，这对长久与美国关系密切的台湾，显然是不可承受之重。
这些理由自然可以理解，但也不表示两岸绝对不能共同处理南海问题。首先，共同捍卫南海，并不意味台湾就要放弃“南海主权”，就像两岸已签订16项协议，台湾并未“丧失主权”一样；何况两岸既有“求同存异、搁置争议”的共识，为什么不能在南海议题上合作？其次，只要两岸宣示共同维护南海主权，任何东盟国家想要挑衅台湾东沙或南沙领土，就不能不有所顾忌；再者，目前许多南海岛屿已被东盟国家占据多年，再不及时连手采取行动，将使其事实占有依法有据，届时两岸当局的消极不作为，必然被人批评为“将祖产拱手让人”；此外，台湾一直回避南海争议，无异使台湾在竞争南海资源上自失立场；至于台美关系，固然重要，但中国大陆与美国之间既对抗又合作，不会因为两岸共同维护南海主权，就使美国改变其两岸政策。
总之，无论从“政治、经济或外交立场”来看，两岸都有共同维护南海主权、共同开发南海资源的必要，深盼两岸当局搁置争议、释出善意，尽速将南海议题纳入两岸协商。
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