黄皮书认为，鉴于目前日方仍在争端中持顽固的强硬立场，而中国维护国家领土主权的决心非常坚定，因此，不能排除钓鱼岛危机有进一步升级甚至爆发冲突的风险。
黄皮书称，应该看到，此次中日钓鱼岛争端被激化、中日关系大幅恶化的直接根源在于野田政府对钓鱼岛所谓“国有化”决策的冒险和失误。然而，如果我们进一步思考，不难发现，中日两国近年来在钓鱼岛问题上所爆发的一系列摩擦与对立，仅仅是中日关系持续紧张，陷入低迷，并难以走出困境的一个缩影。造成这种局面的原因是多方面的：
——中日在东亚权力格局中的位置转换无疑是最重要的一个结构性因素
事实表明，向来习惯于“日强中弱”格局的日本至今无法接受和适应中国快速崛起的事实。日本对中国国力的大幅跃升和影响力的不断扩大日益感到不安和担忧，这种焦虑感体现在对外战略上就是不断强化美日同盟，加强对中国的战略制衡；在军事上将中国定位成主要的防范对象和潜在威胁；在外交上积极打造围堵、牵制中国的制衡网络。
黄皮书分析称，中日关系中的很多问题都与这种结构性矛盾密切相关，短期内这种状况很难改变。两国在经济上日益紧密的相互依赖，东日本大地震期间的良性互动都没有使这一局面得到有效缓解。