日本是否加入“跨太平洋战略经济伙伴关系协定”(TPP)谈判，是日美关系中的最大难题。奥巴马主张世界第三经济大国日本的参与不可或缺，但日本执政党内的反对态度亦较为坚决。正如自民党的一些干部所指出的那样：“比起野田执政时期就是否加入谈判产生过意见分歧的民主党，我党内部的反对势力更为强硬。”因为今年夏季就要举行参议院选举，日本政府相关人士担心，“如果做出错误应对，势必对安倍政府造成打击”。

　　安倍在本月19日的参院预算委员会上，就是否加入TPP谈判问题表态称，“我将作为维护国家利益的代表来应对，会竭尽全力确保国家利益。”然而在美国眼中，日本答应参加TPP谈判是其最重视的，因此双方必然会有一场交锋，届时安倍能否守住底线，值得期待。

　　此外，陷入停滞的普天间机场搬迁问题也难以在短期内取得进展。日美自1996年签订普天间基地搬迁协议以来久拖未决，2009年时任首相鸠山由纪夫提出要将基地搬迁至冲绳县外，招致希望在县内搬迁的美国的强烈愤怒，日美关系由此进入低谷。菅直人和野田政权虽然走回了县内搬迁的老路，但却一直没有进展。