“善幸丸”号原本计划绕钓鱼岛1周后，经由北小岛和南小岛南侧水域返航，但早晨7点左右，日海保厅通过无线告知渔船称“中国公务船正在靠近”，要求渔船“全力加速退到钓鱼岛和北小岛之间水域”。
该船长称，“善幸丸”号按照日海保的指示向从钓鱼岛向北小岛东南偏南防相航行约5公里，中国2艘海监船从南小岛南侧驶来，当时还确认到周围共有7艘日海保巡逻船。日海保随后通过无线不断向“善幸丸”号发出指示，称“先在北小岛北侧水域待命”、“现在可以靠近岛屿”。据称，一般情况下海保会不断要求渔船“不要靠近岛屿”，但这时的情况却不相同。
该船长描述说，8点半左右，“善幸丸”号在北小岛北侧待命期间，另1艘中国海监船从北小岛东侧驶来，与另外2艘船一起从东侧和南侧形成夹击之势。按照海保的指示，“善幸丸”号从南小岛和北小岛东侧海域向石垣岛返航，但不久就被1艘中国海监船追上，随后另1艘海监船也赶来增援。中国船只距离渔船最近只有60米。