质疑中国渔民“真实身份”的言论也开始出现。《菲律宾星报》11日引述“前天曾在巴拉望省军医院检查这些中国渔民”的不具名菲军方人士的话称，“从他们的外表看，不像以前在菲律宾被抓捕并起诉的典型渔民，而是像在菲海域进行情报活动的间谍”。另一名消息人士称，中国对美国海军扫雷舰“护卫者”号之前在图巴塔哈礁搁浅一事非常怀疑，可能派人对这一海域进行随机调查。
另一名高级安全官员说：“一旦有关部门对此次搁浅事件完成调查，我们将弄清这些事情。”海湾新闻网11日引述不具名菲高级海军官员的话称，他强烈怀疑搁浅的中国渔船实际上正在进行间谍行动，因为曾观察到船员穿着“迷彩制服”，“类似于中国海军陆战队员穿的衣服，这提供了强烈的信号，这些中国船员根本不是在捕鱼”。对此，菲总统府发言人卡兰唐11日表示，中国渔船是在菲海域意外搁浅，菲政府目前没有理由相信有别的动机，也没有调查涉案中国渔民从事间谍活动的可能。