25日，中日相互召见对方大使提出抗议。据中国外交部网站的消息，外交部部长助理郑泽光当天召见日本驻华大使木寺昌人，就日本方面无理指责中国划设东海防空识别区提出严正抗议。郑泽光指出，钓鱼岛及其附属岛屿自古以来就是中国固有领土，中国东海防空识别区覆盖这一区域理所当然。日本方面无权对中方这一符合国际法的正当行动说三道四、蓄意攻击。中方敦促日方立即纠正错误，停止对中方进行无端指责，停止制造摩擦、损害地区稳定的言行，以免进一步损害中日关系。
而在日本，外务省事务次官斋木昭隆25日就中国划定东海防空识别区问题将中国驻日大使程永华召至外务省表示严正抗议，要求中方予以撤销。程永华对此表示不予接受，称划设防空识别区是完全正当的。程永华反驳称，划定防空识别区不针对特定国家，不影响飞行自由。
“中国设定防空识别区是过去数十年来最大的危机”，日本自民党议员铃木磬祐25日在其博客上评论称，“我们必须认识到，这是一个到目前为止中国各种各样其他动作都无法相比的严重事态”，“这次行动是中国在东亚迈出的一步，即确立自己在地区的霸权，降低美国在亚洲存在感的战略一步”。