但这往往是一个临时机构。在我军的编制体制内，没有特定的跨军种常设联合指挥机构，而是由“中央军委”和下设的“总参谋部”承担军种联合指挥作战的需要。在战时，若需要由不同军兵种联合承担作战任务，则会成立战区指挥机构，由大军区领导与辖区内海空军二炮部队等领导会同联合指挥，在中央则会成立“领导小组”，负责各方面的统一协调。例如上世纪的对越自卫反击战，即由中央临时成立的“领导小组”统一指挥。
用官方比较准确的表述是：中央军委通过中国人民解放军总参谋部对各军区、海军、空军、第二炮兵实施作战指挥。驻各军区的陆军集团军和兵种部队归所在军区建制领导和指挥。部署在各军区的海军、空军部队，建制归海、空军，受军区和军委海、空军的双层领导。军区内三军联合作战行动由军区统一指挥。第二炮兵在军委集中领导下，实施垂直指挥。省军区、军分区、县(市)人民武装部隶属军队系统，归所在军区建制领导，同时又是所在省、地、县(市)党委的军事工作部门和政府的兵役机关。
美军在“联合作战司令部”上的探索较深，积累的经验也比较丰富。美军最上层的联合指挥机构为参谋长联合会议，由参联会主席、副主席，陆军参谋长、海军作战部长、空军参谋长和陆战队司令组成，在战时协助国家指挥当局对美国武装力量实施战略指挥。