但在1989年，随着塞尔维亚领导人米洛舍维奇不断推行大塞族主义政策，取消科索沃自治权，在科索沃当地占据人口优势的阿尔巴尼亚族感到非常不满。
当时，南斯拉夫趋于解体，前南斯拉夫加盟国纷纷打起了内战。科索沃地区的阿族和塞族也因为民族冲突发生了旷日持久的战争，引发了一系列的仇视和流血事件，加深了两个民族之间的裂痕。到1998年，该地区的冲突已经造成了20多万人流离失所。
1999年，以美国为首的北约武装力量干预了科索沃事务，对南联盟（现在的塞尔维亚）进行了空中打击，使得南联盟方面损失惨重，不得不接受了北约提出的解决条件。
战后，南联盟被迫从科索沃地区撤出了军队，当地的塞族也纷纷离开科索沃。而北约国家的军队则进入科索沃，以“维和”的名义长期驻扎。原先反对南联盟的阿族游击队改头换面，在北约的扶持下，在当地建立了行政机构和“议会”。
2007年，时任美国总统小布什宣称支持科索沃独立。一年后，科索沃当局便自行宣布脱离塞尔维亚独立。而以美国为首的大多数欧洲国家则纷纷承认了该国的合法性，甚至鼓动科索沃加入了一些国际组织。
但塞尔维亚拒绝承认科索沃的独立性，坚持“科索沃是塞尔维亚的一部分”。俄罗斯，中国，印度等国也支持塞尔维亚维护主权的主张，反对科索沃独立。因此，科索沃的“国家”身份并没有被联合国承认。
科索沃独立后，发展的并不好。
科索沃拥有180多万居民，其中20%的人口处于贫困线以下，失业率达到了26%左右，人均GDP约为4300美元，基础设施建设也很糟糕。因此，科索沃的经济民生长期依赖海外援助，电力，水资源等产品甚至需要塞尔维亚提供。
为了反制科索沃当局的“独立”，塞尔维亚政府对科索沃当局施加了一系列的制裁和反制法案。