唐宋时期时，我国的领土管辖工作逐渐细致，诸多南海岛礁已经被纳入版图，我国也随即开展了对南海岛礁的管辖工作，在这个时候，中国就已经对仁爱礁行使主权。

为了显示我国对南海岛礁的主权，1935年，中华民国首次对仁爱礁进行了命名，把这个岛礁叫做“汤姆斯第二滩”，执行着对仁爱礁的管辖权。

1947年，中华民国方域司将仁爱礁改名为“仁爱暗沙”，继续执行管辖权。

20世纪70年代，我国有关部门经过多次考察，在南沙诸岛发现了许多先民的生活遗迹。这些古籍和考察所得的证据都指明仁爱礁自古以来就属于我国的管辖范围。

菲律宾的独立是“二战”之后的事情, 在此前菲律宾长期受到外来者的殖民统治。早在大航海时代, 素有“无敌舰队”之称的西班牙远征舰队在麦哲伦的带领下, 于1521年发现了菲律宾群岛, 依据当时的国际习惯法以发现的方式取得了对菲律宾的领土主权, 并得到了西方国际社会的普遍承认;并在1565年正式开始对菲律宾长达300多年的殖民统治。可以说，菲律宾主张对仁爱礁的主权可以说是无稽之谈。

1999年5月菲律宾有意坐滩在仁爱礁西北礁坪上的一艘破旧军舰——“57号”坦克登陆舰，并长期派兵驻守，至今没有撤走。我国多次要求菲方撤走人员和旧军舰，菲方却始终赖着不动。为此，中国直接军舰对仁爱礁常态化巡航，不允许菲律宾船只进入仁爱礁海域。