台湾过去曾禁止大陆超过5000项产品，随着双方加入世贸组织(WTO)后，逐渐减少到2400多项。但是，依照WTO的规则，台湾应该对会员全面开放，但唯独对大陆限制830多项农业产品和1400多项工业产品，违反WTO规则。
以苹果为例，台湾禁止进口大陆苹果，但台湾本身又不产苹果，于是开放美国及日本的苹果进口，这对大陆而言是极大的不公平。
此外，岛内近日面临的"鸡蛋荒"也是被其不公平的贸易条件"反噬"--此前台"农委会"就曾承认。台湾目前仅从美国、日本和澳大利亚进口鸡蛋，又以"使用禽流感疫苗"为借口，不进口中国大陆等地区的鸡蛋。结果这些地区的鸡蛋因禽流感大流行导致产量大幅下降。
国台办发言人朱凤莲12日傍晚表示，台湾当局长，来对大陆2400多项产品输入台湾采取单方面限制措施，对大陆相关产业和企业利益造成损害，因此进行该项调查，结果将适时公布。
海峡两岸经贸文化交流协会秘书长邓岱贤直言。这确实是台方站不住脚，调查启动有事实依据。"如果真的到WTO，我们应该会被迫采取开放措。