不过此次航行任务在德国国内引发了争议，社民党的议会党团主席明策尼希（Rolf Mützenich）8月对德国《法兰克福汇报》表示：“至关重要的是，不要以不加考虑的挑衅行为，造成事态的激化。”

社民党外交事务发言人尼尔斯·施密德（Nils Schmid）则认为，尽管“巴伐利亚”号访问“亚太地区”具有象征意义，但从军事角度看，“它的贡献不大”，因为美国会在“印太地区”更为活跃，而欧洲则专注于非洲和中东地区的“后院”。

7月30日的外交部例行记者会上，就日本媒体有关德国海军向印度-太平洋地区派遣舰船的提问，外交部发言人赵立坚表示，有关国家军舰在南海航行时应该切实遵守国际法，尊重沿岸国的主权和权益，不要做损害地区和平稳定的事。