冷战后“收割”苏联国家实验室和科学家
美国之所以“拒绝核查”，有一个大的历史背景，那就是冷战结束后，美国以“防止生物恐怖威胁”等名义“收割”苏联国家的生物实验室和专家。苏联解体后，俄罗斯没有足够的财力来实现核武器以及生化武器的销毁。在参议员萨姆·纳恩和理查德·卢格的推动下，美国国会1991年通过立法，之后开启“减少威胁合作计划”，用以销毁苏联的大规模杀伤性武器，并拆除相关设施。
这一计划由美国国防减少威胁局负责，其中包括“减少生物威胁计划”。在华盛顿的一再延长下，相关工作持续了约20年。美国《原子科学家公报》2008年报道称，该计划最初的重点是在白俄罗斯、哈萨克斯坦和乌克兰实现无核化，之后将工作重点转向应对生物威胁。
在后续的实施过程中，“减少生物威胁计划”慢慢走了样，并非所有存放危险病原体的苏联国家研究设施都被淘汰，其中很多实验室都被美国升级改造。虽然这些实验室设在美国之外，但俄罗斯近期曝光的证据却显示，很多实验室是由华盛顿实际控制的。华盛顿还将这些海外实验室的研究材料和成果转移至美国。
在苏联解体后，成千上万科学家失去工作。美国以防止生物武器专家因为生活困窘而前往“流氓国家”为由，建立民用研究和开发基金会(CRDF)，招揽相关科学家。公开资料显示，美国国会1992年通过立法，之后于1995年成立CRDF，该基金会的公共支持机构包括美国国务院、国防部等，私人支持机构包括索罗斯基金会等。在成立之初，CRDF从美国国防部获得500万美元启动资金，并得到乔治·索罗斯1000万美元的捐赠。在最开始，该基金会每年的预算约为1000万美元。2000年，美国时任总统克林顿表示，对CRDF的资金支持应从当年的6400万美元增至1.765亿美元。
重新审视生物武器的战略价值后，美国出尔反尔
可能是随着对生物武器研究的加深，以及自身生物研究能力的提高，美国于2001年，也就是冷战结束10年后，明确表示反对建立《禁止生物武器公约》核查机制。对于持这一立场的原因，2002年，美国当时负责武器控制和国际安全事务的副国务卿约翰·博尔顿说，美国的理由有3个：首先，生物武器不可核查。不同于核武器，生物武器制造材料广泛存在于自然界中，且生物研究具有双重性，既可以用于和平目的，也可以用于战争目的，而研究的真实目的难以确定；其次，公约核查议定书草案可能损害美国国家安全，泄露企业商业机密；第三，草案可能会被有心之人利用，伊朗、伊拉克等国可能以公约缔约国的身份，要求获得有关生物研究的技术和设备，用于研制生物武器。