目标被设定为日本4个城市，广岛、长崎、小仓和新泻，具体按照天气和航路的情况来实施，实际上做出临机的选择。而命令中还指出，在首批原子弹投放完毕之后，后面的原子弹只要完成，马上会运抵轰炸的基地，对其他的城市进行轰炸。

命令里还要求对此次的行动要严格保密，而且强调，这份命令是经过了美国的参谋部总长、美国总统杜鲁门授权的。

汉迪将军这份命令，首先直接发给了驻太平洋的美军航空兵的战略航空部队斯帕茨将军，同时抄送给了尼米兹和麦克阿瑟。至此，动用原子弹的命令最终生效。而在命令发布的这段时间里，其实美国也正在陷入一种争论的状态。如此强大的武器，究竟是用还是不用？

事实上在7月16日美国进行第一次核爆实验的同时，当时的美国科学界就有人开始积极地握权，试图阻止杜鲁门总统使用原子弹的这种决定。

当时最为有代表性的一位科学家是芝加哥大学冶金实验室的资深物理学家，叫西拉德。这个人名望极大，早在1933年他就提出了自己的链式反应理论。不仅如此，他还曾在1939年与爱因斯坦联合致信罗斯福总统，促成了美国“曼哈顿工程”的启动。

当时这份请愿书是要求美国积极地推动核能技术的研究，特别是原子弹的工程，必须抢在纳粹德国前面，完成这种新式武器的开发与装备，所以美国启动了曼哈顿工程，最终促成了原子弹的研制完成。但是在7月16日核爆完成之后，西拉德开始积极地斡旋，希望杜鲁门总统不要使用原子弹。

为什么？因为在西拉德看来，第一纳粹德国已经战败投降，来自德国方面的原子弹的威胁已经被彻底解除。美国掌握的原子弹威力实在恐怖，这是人类第一次解放了原子核所拥有的可怕力量，而这种力量最初的使用并没有用在和平的目的，而是用在战争的摧毁上。