这一对峙局势引发了日本国内的高度重视，日本防卫大臣小野寺五典(Itsunori Onodera)对此公开发出威胁，声明岛民再有过分要求日本将会放弃在与那国岛进行军事部署的战略。日前，日本防卫省新闻局发言人大野孝明(Takaaki Ohno)时向记者证实和重申了这一言论。据大野孝明透露，这一威胁其实并没有取得实质效果，反而打破了先前和与那国的协议。“日本防卫省将继续和岛上居民积极协商，但若无法取得进展，我们也只能重新考虑整个计划，包括是否还派遣自卫队驻扎与那国岛。”大野孝明说道。
另据分析人士指出，这一争端对日本看似利害不大，但实际上却远远没有那么简单。澳大利亚国立大学亚太研究中心教授加文？麦考马克(Gavan McCormack)称，中日紧张局势不断加剧也使得与那国岛居民之间的分歧越来越大。一部分人希望日本对本地衰退经济进行投资，但另一部分人却担心此举会使这个不起眼的小岛置身于“中国的瞄准镜中”。
麦考马克教授说，2008年，多数岛民欢迎日本自卫队的驻扎是因为中日关系当时较为缓和，但目前中日钓鱼岛争端逐步升级，而钓鱼岛就在与那国岛的北部附近。与那国岛距台湾岛仅仅67英里远，一旦中日关系恶化，进入战争状态，那么与那国岛将有可能被中国“立刻消灭掉”。这一利害关系使得与那国岛不敢轻举妄动，因此对日本自卫队在岛部署的态度也随之冷淡下来。至于对与那国町长外间守吉来说，如果为了日本的经济援助而接受日本派遣更多的自卫队来岛，将会树敌从而影响他的竞选连任。