但是，叙利亚问题第二次日内瓦会议能否如期举行依然存在悬念。首先，就是否设置前提条件，冲突双方存在分歧。叙政府一直表示，该会议必须是无前提条件的，尤其是总统巴沙尔命运问题，没有任何讨价还价的空间，民众的选票是决定巴沙尔去留的唯一依据。但反对派“全国联盟”与叙利亚“自由军”最高军事委员会10月5日共同举行新闻发布会，坚持以巴沙尔下台作为谈判的条件。
其次，谁代表反对派出席会议，依然悬而未决。“全国联盟”作为反对派最重要的海外政治团体，得到了西方和部分地区国家的支持，有可能代表反对派与会。但近来，数十支叙境内反对派武装纷纷表态不承认“全国联盟”的合法性，40多支武装力量还在大马士革周边组建了一支名为“伊斯兰军”的新武装派别，抵制“全国联盟”及“自由军”。目前，叙利亚国内武装派别数量超过1000支，整合并选出一个共同代表与会难度极大。
第三，如何定义“恐怖分子”存在分歧。反对派指责巴沙尔对百姓设施的破坏和对平民的杀戮是叙利亚最大的恐怖主义行为。目前，西方已经将叙利亚境内的“胜利阵线”和来自伊拉克的“伊拉克和沙姆伊斯兰国”两个组织定义为恐怖组织，而这两个组织又与很多其他武装派别有着千丝万缕的联系，不可能完全将其从反对派当中剥离。