一般人们见到的清朝区划版图是这样的，但实际上出现了非常严重的错误。地图上的新疆归属于伊犁将军府管辖，不过实际上伊犁将军府只是一个军事机构，对新疆的政务是不太干涉的。在行政方面，新疆最初设置了巴里坤、辟展、乌鲁木齐、哈密几位办事大臣，原本是直接对中央负责的。到乾隆二十四年，就将陕甘总督改为了川陕总督，主要管辖陕西和四川，而甘肃方面则重新设置了甘肃总督，主要的管辖范围涉及甘肃省和新疆的哈密、巴里坤、乌鲁木齐等地。
因此，清朝的新疆有相当部分是被甘肃管辖的，这种局面直到1884年新疆设省才改变。从这些变化也说明清朝对新疆的管辖并非羁縻，而是直接管理。
在南疆，清朝延续了伯克制度，也就是重用当地的城市贵族来管辖南疆各城市。不过，清朝废除了伯克的世袭权力，进行了一定程度的“改土归流”。伯克的任免大权被清朝掌握。而在汉唐时代，南疆各城都有大小国王统治，汉唐和这些国王结为了藩属关系，实际上就是一种羁縻制度。
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