主要有以下一些区别：
外貌上，昆明犬是一种中等体型的犬种，毛色多为黑褐色，外观威严而美丽。德国牧羊犬则是一种大型犬种，毛色可以是黑色、棕色或黑褐色，外观更加粗壮和有力。
性格上，昆明犬通常温顺、忠诚、勇敢，对主人非常忠心，但也有一定的警戒心。德国牧羊犬则智力高、警惕性强，适合作为工作犬，具备出色的警戒和工作能力。
用途上，昆明犬在中国主要用于家庭护卫和伴侣犬。德国牧主要是牧羊、搜救、缉毒、导盲 等。
谢谢悟空邀请我回答这个问题。
要想分清楚昆明犬与德国牧羊大的区别在哪，我们就应该先去了解它们。
德国牧羊犬简称德牧，也叫黑背，德国狼狗。因此品种服从性，工作性很强，被广泛训练成工作犬，如军（警）犬，搜爆（搜毒）犬，导盲犬，搜救犬等。
昆明犬
是中国公安部昆明警犬基地专门繁殖培育的一个工作犬种。昆明犬对主人非常忠诚，也是很好的护卫犬。德牧能胜任的任何工作昆明犬也可以完全，甚至更好的去完成。
从外形上看两个犬种有些相似，不认识的人都把它们称为狼狗，但是对犬类稍有研究的一眼就能分辩出它们，下面我们就来说说两者的区别。
一，体型。
从体型上来分德牧比昆明犬略大些。
二，毛色。
德牧的毛比昆明犬毛长。
三，头部。
德牧头大嘴粗，昆明犬头小嘴细。
四，尾部（胯部）。
德牧站立时后胯部弯曲，面昆明犬站立时基本前后一致。这是最重要的一点。
五，爪子。
德牧只有前脚有飞爪（狼爪），而昆明犬前后四脚都有飞爪。
六，性格。
德牧性格较平和温顺，而昆明犬活泼好动。相对而言。
七，服从性。
德牧服从性好，易于训练，昆明犬服从性略低。但要主人用心训练也会训好。
以上几点应该可以帮助题主分辫出昆明犬和德牧了吧。
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德国牧羊犬，世界上军警应用最广的犬种，昆明犬只有中国军警用。
德牧来自德国，昆明犬则是我国昆明自主繁育的犬种，这两个犬种都是我国军警界的佼佼者，与马犬一起被誉为国内工作犬界的“三驾马车”。被广泛的用在军队、公安刑侦、边防线巡逻等工作岗位上。昆明犬和德牧虽然在品相上有些类似但也有非常明显的区别！
一、昆明犬与德国牧羊犬的特征
1、眼部。德牧无明显“四眼”，而昆明犬几乎都是“四眼”
2、后驱。德牧后驱弯，而昆明犬直。这点有非常大的区别。
3、毛发。德牧是双层毛类犬，毛长，尤其是脖子和腿部有长签毛。而昆明犬是单层、短毛。
4、头版。德牧头版较大而嘴较粗，昆明犬头版小而嘴尖。
5、尾巴。德牧尾粗而短，昆明犬尾长而细。
6、狼爪。德牧无后脚狼爪，而昆明犬有后飞（分为单飞和双飞两种）
7、背线。德牧背线从肩到尾根为平滑曲线。而昆明犬背较平直。
8、步态。德牧走路姿势为蹬踏速步型，昆明犬为弹射型。
二、神经类型
将德牧与昆明犬放在一起，通过观察可以发现德牧性格会比昆明犬更温顺一些，服从性也好些。但昆明犬的兴奋度要超过德牧，能非常主动的完成既定科目，无需在旁过多鼓励。同时，昆明犬对工作环境的适应能力、抗病能力更强，而德牧在这些方面就显得稍弱一些。
德牧和昆明犬的体力方面也略有不同，昆明犬会显得更强一些。
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昆明犬的繁育最开始是以挑选出来的云南地区本土狼种犬为母本，融入了德国牧羊犬、日本狼青犬、狼、的血液，后来不断的相互杂交选育，属于粗放繁育，是杂交犬，不属于纯种犬，后代犬只毛色分布很杂，昆明犬的神经类型大部分都很优秀，但部分不稳定。
至于前面有人回答昆明向fci申请纯种没有通过，这是可以预测到的结果，昆明犬的犬种筛选繁育方面还有大量的工作要做。
纯种犬的定义是:犬只在遗传上有稳定的神经类型、体型骨格结构的标准、毛质毛色分布特点与标准，有含有dna双亲比对的血统证书，DNA里更不能出现其它犬种，三代以内不能近亲繁殖、本犬种的遗传病学检验检测、犬只从神经类型和体型体质骨骼结构几方面的淘汰标准及机制等，这些方面昆明犬大都不具备。
FCI虽说是全世界最大的犬业组织，以国家为单位加入的犬业组织（一个国家只认证一个犬协），但还是民间爱好者的组织，不知道把昆明犬向FCI申请为纯种犬的是中国的什么部门？（政府部门？）