2月20日，在大陆方面的连续施压下，台当局终于同意放人，但是仍然是以“遣返”的名义。20日下午，大陆翻覆渔船2名生还者由晋江市红十字会秘书长曹荣山与海巡人员陪同下顺利登船，返回大陆。值得一提的是，在船上，陆委会官员要求曹荣山签署遣返人员移交证书时被拒绝，陆委会官员也只会无奈下船离去。
据台媒报道，两名生还者徐仲安、与王元祥原本预定搭乘下午16时30分船班返回大陆，不过中间台当局方面还想再次修改返回时间。不过最终两人还是在16时30分顺利登船，在路上有台媒体想访问两人，但一直被被台海巡人员阻止隔断。而两人也全程沉默，快步向前，往移民署出境关卡走去。
另外，2月20日，2名大陆渔工死者的家属在晋江市红十字会人员陪同下，也抵达了金门。按照台当局方面的安排，据金马澎分署副分署长蔡茂埕表示，在遇难死者家属完成2名身故船员的遗体相验程序后，将依照家属的需求及期望的丧葬仪式，在最短的时间内火化遗体，让家属将亲人的骨灰带回大陆故乡。
不过，在遗体相验程序后，家属对相验结果有疑虑和还未考虑好是否要再提告，因此暂时不同意台当局方面提出的尽快火化的要求。死者的女婿何代波哽咽说，“岳父来代文是家里顶梁柱，上有老下有小，家里的生计还需要他赡养。他人就这么走了，留下我们怎么办，强烈要求查明事情真相，还给他一个公道。”
同行的泉州台办副主任李朝晖也沉痛表示，“希望台当局公布事实真相，严惩有关责任人，做好善后工作，给遇难者家属与两岸同胞一个交代，告慰遇难者的在天之灵。”而台当局方面那么着急火化死者遗体，不知道是不是做贼心虚怕被发现些什么，还是想早点平息了结此事。
那么事发当天的真相到底是怎么样的呢？而据台岛“中时新闻网”报道，事发时，双方都以超高速行驶，大陆渔船不断蛇行，双方不慎发生碰撞，大陆渔船当场翻覆，4名船员落海。最终台海巡队员只成功救起2人，另外2人在送医过程中不治身亡。
当然这只是台媒方面的爆料，未必一定是事件的真相。相信，随着2位大陆船员成功返回大陆，当日的情况和细节必然会水落石出。如果台海巡队在当时有过度粗暴执法，大陆方面必然会要求台当局对其进行严惩，以告慰遇难者的在天之灵。这一次如果大陆海警和解放军强势连续出手，对台当局施加强大压力，民进党当局绝对还想继续硬刚到底的。至今为止，蔡英文和赖清德对此事还一直罕见保持沉默，拒绝作出表态。
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