岛内选举结束，成功当选的赖清德当下正着手清算国民党。根据台媒报道，台湾不当党产处理机构认定“中央投资”、欣裕台公司为中国国民党附随组织，2016年处分国民党将持有的全部股权，约156亿新台币应移转公有。台媒指出，整个案件主要是由于台湾不当党产处理机构给国民党作出的处分.按照处分书规定，国民党应该转移其持有的“中央投资”和欣裕台公司的全部股权“充公”，但国民党不服原处分，随即提出行政诉讼。
当时台湾司法审判机构指出，岛内政党的本质，其所有的正当财源应限于党费、政治献金、竞选经费的捐赠，以及竞选费用补助金等，政党依其他方式所取得财产，如果都与政党本质不相符，应定性为不当得的财产，由政党举证其取得财产是符合政党的本质和“民主法治原则”，若政党没有尽到举证的责任，经相关机构认定的属于不当取得的财产，可以要求该政党资产在一定期限内转移为公有。
由于国民党内部资金常年出现收支不平衡的情况，因此该机构认定国民党对于中投公司的2亿元的出资，均来自于不当财产为基础的收益所致，所以这些“不当财产”需要“充公”。而尽管国民党上诉，但最终还是被驳回，仍判定国民党败诉。针对目前的现状，国民党官员黄健庭表示，民进党以所谓的正义为名，本质上是在采取清算斗争，同时台湾司法机构也变成“帮凶”。国民党主席朱立伦则表示，这几年国民党已经完全没有党产资源，走得非常艰辛，但国民党不会就这样被打倒，会持续朝着目标奋斗。朱立伦所指的党产资源，自然包括国民党内的资金，他的表态一定程度上反映出国民党正在被逼入绝境。
民进党当局急着清算国民党内的政治资金，连朱立伦都承认国民党现在的处境很艰难，表明这次的行动民进党直接打到国民党的“七寸”。同样在立法机构正副负责人选举上，民进党也不会打算“放过”国民党，赖清德派出党内要员来制衡国民党民意代表韩国瑜，此举的目的是想彻底打压国民党在立法机构保持的优势，压缩国民党在岛内的政治生存空间。然而除了外部施压外，国民党内部也早已出现危机。
首先，是国民党主席朱立伦的“不作为”，不论是在选前还是选后，他的表现都是不尽如人意的，没有担当起一党代表的责任。再加上国民党本身就缺少年轻选票，未来这一情况或许会更严重，而最后选举失利的国民党，还存在党内斗争，赵少康对侯友宜的不满，侯友宜选前在两岸问题上同马英九进行切割等，都表明国民党内部问题多多，未来该党在岛内的影响力可能会进一步下降。
不过需要注意的是，国民党作为促进两岸沟通的政治力量，受到民进党当局的极力打压，这对于两岸关系而言可能会产生不利影响，因此大陆方面需要做最坏打算，为解决台湾问题做好了各方面的准备。大陆已明确指出推动实现两岸和平统一的立场和决心，始终坚持以最大诚意以及尽最大努力，为两岸同胞争取和平统一的前景，但是决不承诺放弃使用武力，大陆方面会保留采取一切必要措施的选项。若民进党当局或“台独”分裂分子一意孤行，甚至突破大陆红线，以非和平方式实现统一，将是不得已情况下做出的最后选择。
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