亲爱的小伙伴们，相信很多人对引物设计原则是什么和什么是引物设计都不是特别了解，因此今天我来为大家分享一些关于引物设计原则是什么和什么是引物设计的知识，希望能够帮助大家解决这些问题。
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引物设计原则是什么?
引物设计的原则是：
1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。
2、引物长度一般在15-30碱基之间。
3、引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。
4、引物3′端要避开密码子的第3位。
5、引物3′端不能选择A，最好选择T。
6、碱基要随机分布。
7、引物自身及引物之间不应存在互补序列。
8、引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。
9、引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。
10、扩增产物的单链不能形成二级结构。
11、引物应具有特异性。
常用引物设计软件
1、Oligo6
Oligo6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列；按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物；对环型DNA片段，设计反向PCR引物；设计多重PCR引物。
2、PrimerPremier5.0
PrimerPremier5.0是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。
什么是引物设计？
正向引物，反向引物。
引物自身及引物之间不应存在互补序列。连续互补的碱基应该要少于4个。引物应使其G值不要太高，G值越大，则双链越稳定。
引物长度和GC含量要适中。引物长度大概为18~28bp，但不应大于38bp，引物过短会影响到扩增的特异性，太长的话其延伸温度将会大于74℃，不利Taq酶的催化反应。若扩增产物为4~5kb，引物最好不要少于24bp。
扩展资料：
注意事项：
1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27(22)bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
2、碱基要随机分布：引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（Falsepriming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。
3、3′端不应超过3个连续的G或C，如GGG或CCC，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。
4、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。
参考资料来源：百度百科-引物设计
参考资料来源：百度百科-正向引物
参考资料来源：百度百科-反向引物
总结：以上就是本站针对你的问题搜集整理的答案，希望对你有所帮助。