据悉，杜特尔特和小马科斯政府的矛盾已经逐渐公开化，双方和所属势力变为公开的倾轧。之前杜特尔特坚决反对小马科斯关于美菲关系问题，他认为菲律宾现在无休止地得罪中国，最后难免会遭到麻烦，甚至导致他们的国家陷入严重冲突之中。杜特尔特还对小马科斯的政策大为不满，他上台后得罪了很多前政府官员的利益，以至于让民众和议员们怨声载道。杜特尔特时期非常反美，他也不满意菲律宾有越来越多的美国基地。显然杜特尔特不相信所谓的“菲基地中立”就能保全的理论，两方对立越来越激烈。
消息人士提到，杜特尔特所属的棉兰老岛势力即使在他下台后仍然占有一席之地，不过现阶段小马科斯似乎有意对他们打压，利益分配越来越不均衡。例如投资项目和资金分配，小马科斯内阁总是优先给他们的势力控制地区，其他人难以得到好处；再加上禁毒问题，此前菲律宾进行了激烈的禁毒手段，甚至当街枪决毒贩，现政府非常宽松导致禁毒效果大打折扣。一切行为让两人的冲突越来越剧烈，这是必然的事情。
28日多家外媒报道，菲律宾总统小马科斯政府突然对杜特尔特势力进行大规模“清洗”，上周解除了数十名忠于前总统杜特尔特的警官的职务，人们对政变阴谋的担忧与日俱增。大规模解职警察部队在菲律宾历史上很不常见，杜特尔特下台后，现政府也是罕见向军队发出命令，敦促菲律宾军方忠于他。 例如被解除职务之一的人是达沃市警察局局长理查德·巴德昂，他是杜特尔特最信任的警官之一。不仅如此，包括6名警察局长在内的34名警察被撤职，如此大的职务变动让整个警界都颇为震惊，甚至预测要发生“地震”。
分析人士表示，小马科斯搞“清洗”并不明智，这将让剩下的人察觉到危机感。这件事具体就是两大阵营的内部矛盾问题。不管是分配利益还是外因，都和党派斗争有关系。马科斯政府改变菲方政策立场，加强与美国的战略关系，这也是导火线之一，导致两大阵营的分歧在去年变得更加明显。之前杜特尔特曾表示，如果自己的势力被“清算”或是女儿被起诉，他将再度出山竞选。之前媒体曝光小马科斯似乎表示想和杜特尔特“谈谈”，双方的谈判任务还没有完成，现在就撕破脸皮了。甚至被爆出菲律宾前总统杜特尔特“提议棉兰老岛独立”，这种话已经涉及到国家分裂问题了，政府不重视是不可能的。
值得一提的还有，去年一条新闻显示棉兰老岛邦萨摩洛穆斯林自治区首席部长支持小马科斯政府，但棉兰老地区是菲律宾穆斯林主要居住区，他们对这里的控制并不稳定。也就是说如果所谓的政变真的发生的话，局势很快就可能会失控对此有评论称：“小马科斯本人的‘卖国策略’任何人都看不下去，所以如果没有杜特尔特与其掣肘的话，他只能走的更远而非是收敛。现在菲律宾媒体却大力将其宣扬为政治斗争，居心叵测。”
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