按理说两架客机不会在高空相撞。飞机在高空航行时，也有交通规则，同等高度，相向飞行分左右航线，两架飞机，中间有数百米距离。九月十五日，我从大理飞南昌，座位是F靠窗。快到南昌时，意外见到〈空中会机〉。当时能见度很好，飞机右下侧几百米外，与一架波音737空中会机。八二年第一次乘飞机，国内外乘飞机数十次，第一次遇见到空中会机。也就是几秒钟时间，一晃而过。
七十老头。
这种事情还真的发生过，而且发生在两架都配备了先进的防撞系统（TCAS）的飞机上。2002年7月1日，由于空管的指令和飞机防撞系统的指令相冲突，导致了两架飞机在德国乌伯林根上空相撞，造成了71人遇难，这起事件就是著名的乌伯林根空难。
涉事的两架飞机一架机型是苏制的图-154飞机，当天晚上准备从莫斯科飞往西班牙巴塞罗那，机上搭载的绝大多数是前往巴塞罗那参加交流活动的学生。还有一架是DHL货运公司的波音757全货机，当天晚上准备从意大利贝加莫飞往比利时布鲁塞尔，机上只有两名飞行员。
晚上11点左右，两架飞机几乎同时出发起飞前往目的地，两架飞机的航线正好在德国与瑞士边境处相交，如下图。
当两架飞机都接近德国瑞士边境领空的时候，相继由瑞士苏黎士航管中心接管。不巧的是当天航管中心的主雷达正在进行维护工作，雷达扫描的速度因此变慢，当飞机出现距离过近时也不会生成持续两分钟的警示图像。而且通话系统也被关闭。于是，通讯线路被临时切换到备用电话上。这就给当天值班空管的调度工作造成了很大的麻烦，这成为了事件的导火索。
接着两架飞机在同一高度不断地接近，并且机上的防撞系统都开始发出警告，苏制图-154得到的是爬升提示，而波音757得到的是下降提示。如果两架飞机的飞行员都遵照防撞系统的指令的话，悲剧就不会发生。但不巧的是，空管给图-154飞行员发出下降高度的指示，不巧的是图-154居然听从了空管的指令。而且更不巧的是波音757货机的飞行员想告诉空管他们的飞机遵从了防撞系统的指令也开始下降，但空管却因通讯线路繁忙而没有收到波音757飞行员的消息。
结果，在一万米的高空，波音757货机的尾部划过图-154客机的机身，把它截成了两段，图-154瞬间解体。失去垂直尾翼的DHL货机支撑着又飞了两分钟……最后坠毁在6公里之外。
上面几张图就是计算机模拟的当时两架飞机相撞的情形，美国国家地理的空难系列纪录片《空中浩劫》在第二季第四集也专门介绍过这起空难，有兴趣的童鞋可以去看看。
题主的问题主要涉及到空中管制。如果严格按航线来飞，飞机一般是不会在高空中相撞的。因为在规划航线的时候，会对飞行高度、间隔、时间等方面进行严格的限定，在垂直间隔、水平间隔等方面都要具体的要求。同时，相关法规还规定了飞机避让的一些基本原则，如民航让军航、一般飞机让专机，等等。这些在我国《中华人民共和国民用航空法》里有详细规定。
但这并不能保证飞机在空中完全不会相撞。像题主问到的情况，在现实中也曾发生过，特别是起降、爬升这些阶段，有时也不完全是空管调度的问题。一旦发生这种情况，指望靠飞行员提前发现并做出判断和机动避让，对于一航民航飞机来说是很困难的。主要原因，一是飞机速度太快，现代客机巡航速度一般都在800-900千米/小时左右，而人的目视距离一般也就10千米上下，还要受天气、光线等条件的限制，看到以后，还要判断对方的速度方向才能做出准确的避让动作，对于大体积的客机而言，在现实中几乎是不可能的。二是在空中飞行，可视范围非常大，要在这么广阔的天空中发现另一架飞机也非常难，可以说发现了是运气，没发现才是正常。
正因为此，现代飞机上普遍配备了空中防撞系统，但防撞系统的目的在于提前对飞行员发出碰撞警告和提醒，而不是取代飞行员操纵飞机进行规避，最后的处置还是要靠飞行员。
一般来说，飞行员能看到这个情况，飞行员也不是傻子！当然，空管指挥是避开风险的最好手段。但是，如果真指挥不当，也有这个时候，以前就发生过一起，两架飞机相撞了！后来，航空协会就定了一个规矩，空中相遇，双方都是向自己的右边飞，就可以了！
应该也不会，飞机上还有导航人员，还有雷达，在天气晴好时飞行员自己也可以看得到前面情况，发现不对劲可以向塔台询问，及时调整。