赖清德在当选后不久，便宣布退出民进党“新潮流”派系，决定不再参与“新潮流”派系运作，而该举动很快引来岛内其他政党的嘲讽，柯文哲办公室发言人戴于文认为，赖清德选择退出完全是政治假动作，还有不少岛内民众猜测，赖清德未来可能会成立新派系，而现如今他的做法果然印证了岛内民众的猜测，在退出新潮流不到一周的时间，赖清德就开始着手建立新派系。根据台媒报道，赖清德在台立法机构出席民进党新任“立委”共识营致词时，以民进党主席身份指导新进“绿委”，在此之际民进党阵营透露，出身“太阳花学运”，参选新北市中和选区“立委”落败的吴峥，将担任民进党新闻事务部门负责人。
此举被岛内媒体视作是，赖清德在上任前，积极建立人马，提高自身影响力的做法。据悉，现年34岁的吴峥，是在岛内选战时被赖清德招入民进党的，即使后来竞选“立委”失败，赖清德仍选择重用吴峥，主要是由于赖清德希望借此来拉拢“太阳花世代青壮年”，再通过青壮世代拉拢年轻人。因此不难看出，虽然赖清德宣布退出新潮流派系，但其在选前就积极提名“太阳花世代”等跨党派青年世代的举动，充分说明赖清德其实藏着更大的政治谋划。
其实早在赖清德宣布退出新潮流时，国民党“立委”王鸿薇就已经揭穿他的真面目，在王鸿薇看来，赖清德此举就是在“唱双簧”，表面上他对外宣称“退流”，而实际上其最大左右手都是新潮流的，这种假装跟这些派系撇清关系，很可能是为了以后出现“赖系”铺路。所以尽管“太阳花世代”选举结果不佳，赖清德仍重用这些人，就是想收编“太阳花青壮世代”，为未来上任后争取到更多政治资源。再者，宣布“退流”的赖清德在该派系中仍具有不小的影响力，现在又争取到“太阳花青壮世代”的支持，使其在岛内具备更大的政治优势。
不过，值得注意的是，赖清德将建立的新派系，激进“台独”色彩更浓。他选择重用的人选主要出身于“太阳花学运”，而这场打着民主旗号的“台独”闹剧，事实上严重破坏了两岸的和平发展。当时正值国民党马英九执政，以“反服贸”为主调的“台湾学运”突然爆发，大量民间团体和学生占领台当局立法机构议场，集体抗议《两岸服贸协议》，并且突破警方防线，直接冲入台湾行政管理机构，造成极其恶劣的影响。
尽管当时事态得到了平息，但当时的台当局迫于巨大的舆论压力，最后这些参与者大多都被无罪释放，而这场闹剧本质上体现的还是个别岛内民众的“逢中必反”的立场，而且颠覆了原有的岛内政治格局，进一步壮大了具有“台独党纲“的民进党，对两岸关系发展产生了重大负面影响。如今赖清德有意重用与之相关的人员，而这或许就意味，未来赖清德成立的新派系“台独”色彩可能更浓厚，“台独”立场或将更加激进。
而对于“台独”分裂势力的所作所为，大陆方面早已发出警告，“台独”是一条走不通的“绝路”，只会把台湾民众带进灾难的深渊，谁想搞“台独”，分裂中国国土，必将受到历史和法律的严惩，任何人都不要低估中国人民推动祖国统一的的坚定决心，任何“台独”图谋，注定会以失败告终。
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