然而，有关权利和自由并非绝对，《公民权利和政治权利国际公约》订明，可在有必要保障国家安全、公共安全、公共秩序或他人的权利和自由等情况下，依法限制部分权利和自由。
特区律政司表示，有关部门的检控人员必定按照《香港国安法》和本地法律处理危害国家安全的犯罪案件。所有检控决定基于可接纳证据和适用法律，案件不会因涉案人士的政治理念或背景而在处理上有所不同，特区律政司在有充分可被法院接纳的证据，令案件有合理机会达致定罪，并符合公众利益的情况下才会提出起诉。特区律政司一直以专业和公正的态度履行宪制职责。《基本法》第63条明确指出，特区律政司主管刑事检察工作，不受任何干涉。
香港特区律政司表示，法官处理涉及《香港国安法》的案件时，一如其他案件，都是独立公正地履行司法职务，不受任何干涉。就如何根据《香港国安法》处理被控危害国家安全罪行人士的保释申请，终审法院2月9日颁发的判案书已订下原则。
《基本法》、《香港国安法》和《公民权利和政治权利国际公约》保障被告享有公平审讯的权利。事实上，在首宗由高等法院原讼法庭审理违反《香港国安法》规定罪行的案件中，被告一方也同意，即使没有陪审团，被告在由三名法官组成的审判庭面前仍享有公平审讯。
特区律政司表示，基于回避待决案件的法律原则，任何人都不应评论尚在进行司法程序的案件。
据香港警方此前消息，9月8日，反中乱港组织“支联会”的前“副主席”邹幸彤（Chow Hang-Tung）及该组织其他多名成员被捕。该组织于9月25日宣布解散。而在该组织解散前，正在还押的邹幸彤仍通过社交媒体鼓动成员反对解散议案。
10月12日，据联合国人权理事会网站消息，联合国人权理事会有关特别机制专家菲奥诺拉·尼伊兰（Fionnuala Ní Aoláin）、克莱芒·尼亚雷索西·武莱（Clément Nyaletsossi Voule）、伊雷内·汗（Irene Khan）、玛丽·劳勒（Mary Lawlor）4人发布联合声明，公然为这些反中乱港分子张目，妄图挑动事端。有关特别机制专家称，对邹幸彤被捕“表示关注”，还妄称中方应“克制”使用《国家安全法》。