尽管美国从巴拿马撤出了军队，但这个超级大国对巴拿马的军事影响从未减少。在2003年以来，每年8、9月份，由美军南方司令部牵头的“联盟力量”军演都会在巴拿马运河太平洋入海口附近展开。来自拉美、欧洲和北美的近20个国家参加演习。军演以保卫巴拿马运河控制权为主要演练内容。此外，打击贩毒势力和恐怖主义也是军演重要目的。
1977年巴拿马与美国签署的条约明确了这条运河的中立性。但即使是和平时期，运河的中立性也是个十分敏感的话题。2008年12月5日晚，俄罗斯“恰巴年科海军上将”号反潜驱逐舰穿越巴拿马运河，成为第二次世界大战之后第一艘穿越巴拿马运河的俄罗斯战舰。尽管美国官方对此事反应平淡，但引起了国际媒体的广泛关注，因为在“冷战”期间，巴拿马运河曾对俄军舰关闭。（本网驻墨西哥城记者伍海燕）
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