2000年10月，北斗导航系统的第一颗卫星送入轨道。时隔两月，第二颗卫星成功发射。总站为推动中国跨入世界卫星导航“第一方阵”做出卓越贡献。
高精度、统一的标准时间是联合作战和预警探测的基础支撑。经过6年连续奋战，总站从零起步建成了军用标准时间实验室，产生并保持的军用标准时间上百万年误差不超过1秒，达到世界先进水平。2009年11月中央军委颁布命令，规定总站保持的协调世界时为军队标准时间，使中国军队拥有了统一的高精度时间基准，彻底终结了依靠GPS授时的历史。
总站提出并实现了世界上第一个“定位报告”与“连续导航”相结合的系统技术体制。独创的位置报告和短报文通信功能，使指挥员能随时随地掌握每个作战单元乃至单兵的具体位置，有效解决战场态势感知这一难题，实现了“看得见、联得通的指挥”。目前，北斗导航已成为中国军队三级指挥控制网络组成要素，促进了中国军队作战指挥样式变革。
实战化的应用，检验了“北斗”优于世界其他卫星导航系统的卓越功能。近年来，总站完成了国庆阅兵、载人航天、应急处突和汶川、玉树、芦山抢险救灾等百余项重大战略保障任务，北斗系统在服务国防和经济社会建设中发挥了不可或缺的作用。
总站运用“北斗信息服务平台”为北斗大规模、集团化应用开辟了新的“战场”。中国渔政基于该平台建立“海洋渔业综合信息服务系统”，实现对6万多条出海渔船的科学调度、实时监控和应急救援。