由于该份协议将会给中尼关系带来严重破坏，因此不但是普通民众反对，尼泊尔当局也一直将其束之高阁，尼泊尔民众为此还多次发起示威抗议活动，反对政府和国会通过这份协议，反对者甚至向那些试图为该协议做宣传广告的媒体发出威胁：如果继续为美国的“千禧年挑战计划”协议做宣传，他们将会烧毁媒体大楼。
显而易见，美国在尼泊尔的影响力已大不如从前，其所提出损人利己的合作协议，也被越来越多的尼泊尔人所抵制。所以说，即便该协议能够在议会得以通过，也不大可能会获得政府的批准，更谈不上付诸实施了。为此，尼泊尔总理德乌帕日前事先给美国人打了一剂“预防针”：我们已经尽力了，无论结果如何，我们都必须接受。