图注：由于吉尔吉斯斯坦与中国的铁路线未连通，中吉乌三国的货运主要依靠“公铁联运”模式
其次，吉尔吉斯斯坦海拔较高且多山地丘陵的地形特点，也给铁路建造设置了难题。据悉，中吉乌铁路在吉境内的总长度为260公里，但需要修建的隧道就有将近100个，这无疑将增加施工难度。而这次来到吉尔吉斯斯坦的80名中国专家，无疑就是要实地察看情况，以便未来解决建造难题。
图注：吉尔吉斯斯坦的山地
最后，是在轨距问题上，作为曾经的苏联加盟共和国，吉乌两国现有的铁路以1520毫米轨距的宽轨为主。因此，吉乌以及俄罗斯等国都希望这条铁路继续使用1520毫米宽轨。但从长远的国际贸易角度上看，无疑是采用1435毫米的国际标准轨更为方便。
毕竟，中吉乌铁路只是未来新的亚欧铁路系统的一部分，在通过这条铁路运到乌兹别克斯坦后，中国出产的商品完全可以通过已有的中亚铁路和国际南北运输走廊，经土库曼斯坦运到伊朗，再从伊朗北上进入土耳其，最后跨过土耳其海峡进入东南欧。
图注：在中欧铁路通道规划中，中吉乌铁路是中欧班列西线南部通道“西3通道”的一部分
而在这条路线上，除了三个原苏联加盟共和国，中国、伊朗、土耳其以及欧洲各国的现有铁路，使用的都是国际标准轨。当然，轨距问题不是不能解决，中吉乌铁路甚至可以采用双轨距模式建造，以便货运顺利进行。