可是，不自量力的廓尔喀人却进一步把目标指向了西藏。1791-1792年，尼泊尔入侵西藏。1792年，清朝予以反击，并派军攻入加德满都。廓尔喀人只好俯首称臣，承认清朝为其宗主国，并每3年进贡一次，直到1908年才终止。
清朝只是给了尼泊尔一个教训，并没有兼并其领土。可是19世纪英国侵入印度之后，情况发生了转变，尼泊尔与英国的关系日渐紧张。
1814-1816年，尼泊尔与英国发生战争，不幸战败，被迫签订《色沟里和约》，割让西部领土，这块领土后来并入印度。从此，尼泊尔的版图一下子从长面包形状缩短成今天的短面包形状。
但是，尼泊尔并没有完全沦为英国的殖民地。英国承认尼泊尔内部的主权，不过在加德满都设立常驻机构，负责尼泊尔外交。此后直到20世纪中叶，尼泊尔都处于闭关锁国状态。
1846年，尼泊尔一位名叫巴拉杜尔的廓尔喀人青年贵族密谋杀死了几百名皇亲国戚，夺取了政权，自任首相，改用拉纳家族的姓，建立了拉纳政权。沙阿王朝的国王仍然健在，但是拉纳家族却世袭首相，成为实际掌权人。
拉纳政权亲近英国，还出兵帮英国镇压了1857-1859年的印度民族大起义。因此，英国人投桃报李，1923年尼泊尔获得了完全独立的主权地位。