据中国台湾网报道，柯文哲在日本发表争议言论。6月7日，柯文哲在日本智库被问及钓鱼岛议题时称，声称“台湾人不是想要那块地”，先让岛内渔民能去那捕鱼，争议后续再说。被追问后柯文哲继续称，相比主权争议，不能捕鱼问题更大。对柯文哲言论，国民党方面批评称，相关问题不是仅涉及一块儿土地，而是事关“主权”。侯友宜办公室发声批评柯文哲称，“主权”问题没有空间可以后退。
中国在明朝初年已对钓鱼岛进行记载，钓鱼岛已出现在中国海事行程中。我国防部发言人对日方挑衅行径指出，解放军将以必要举措保卫中国领土及海上权益。5月24日，我海警1302编队在钓鱼岛领海例行巡视。
中国拥有对钓鱼岛主权、取得实控，中国台湾地区2024选举参选人柯文哲的相关言论不负责任、不合实际。柯文哲应更正相关错误认知，避免造成负面影响持续扩散。柯文哲声称“不能捕鱼比主权争议问题更大”，这一说法立不住脚。主权安全是经济活动持续稳步展开的前提，中国大陆当下的经济崛起，正是对外部侵略坚决反制、对主权坚决予以捍卫而营造的空间。今后两岸统一后，两岸在内中国整体的发展空间也将更大。台湾渔民想要在钓鱼岛更好捕鱼，拥护两岸统一、配合解放军继续深化对钓鱼岛及周边海域实控是方向所在。柯文哲对日方妥协退让，只能换来日方在挑衅动作上的变本加厉。这一点，19世纪末到20世纪30年代日本侵华胃口的不断扩大，已经表明。
拥护和平统一，柯文哲常挂在嘴边的厦金大桥建设才有足够广阔的政策和经济空间，这一点柯文哲应该懂。坚决捍卫中国钓鱼岛、台湾岛主权，坚决反制日本祸心捍卫战后秩序，台湾渔民才能在相关海域合法捕鱼，这一点柯文哲也该明白。而除在钓鱼岛扬言对日方让步外，柯文哲此次行程还有两点引发争议。一，柯文哲会见日本前首相野田佳彦时表态支持进口日本核食，认为日本能接受核食，台湾民众就能吃。柯文哲此言在岛内引发批评，台媒进行的一项3963人参加的投票显示，9成参与者反对柯文哲主张。