决定对BGM-109C/D进行改进，制导系统改为惯性和GPS+DSMAC2A，加入数字影像区域比对技术，精度大幅进步到3-6米。这型BGM-109BlockII巡航导弹1993年装备部队，1995年，美军“诺曼底”号巡洋舰对塞尔维亚发射13枚，1999年科索沃冲突中，美国海军发射了238枚，198枚命中，包括50%移动目标与42%的防空系统，此后在伊拉克战争，叙利亚战争中扮演了重要角色，从1991年到2003年共发射了1700余枚，第四批次的BGM-109E提高了隐身性能，雷达反射面积从0.1平方米降为0.05平方米，
之后的BGM-109BlockIV射程从1600米增加到3000千米，具备在战区上空盘旋特机2小时，一旦接收到新的目标数据4分钟内完成瞄准，并实施打击，海湾战争中发射的288枚耗资4.32亿美元，每枚150万美元，成本相当于制导炸弹的50倍甚至更高，虽然美军每次都使用了数百枚巡航导弹，高昂代价让美国很难承受，美国海军共订购1300枚BGM-109BlockIV导弹，成本大幅降低，零件数量从11000多个减至约7000个，组装工时由610小时降至193小时，每枚仅50万美元，“战斧”巡航导弹可以从潜艇鱼雷发射管中发射，但这种发射方式速率太慢。
冷战时期，美国核潜艇要打击苏联主要城市和工业中心，就需要靠近到苏联反潜系统打击距离，攻击型核潜艇虽然安装6-8具鱼雷发射管，但不可能全部装填巡航导弹，还要装填鱼雷随时应对苏联潜艇出现，，鱼雷发射系统装填时间又慢，装填后还要由NK117设计指挥仪用20分钟对导弹进行检查并调整制导设备，一发一发地发射完携带的巡航导弹需要在潜望镜深度航行连续十几分钟甚至1小时，而第一发导弹一出水就可能会被苏联导弹预警卫星或远程巡逻机发现，苏联远程巡逻机甚至可能携带战术核深弹，在这样的作战环境下用鱼雷管发射巡航导弹算是自杀行为。
为了加快发射速率，美国在第二批次生产的第32艘“洛杉矶”级攻击核潜艇上采用了专用的巡航导弹发射系统，在耐压艇体耐压液舱中设置了12个垂直发射管，导弹用高压气体从发射管中弹出，穿过15~20米深的海水冲出水面后导弹助推器点火再过渡到巡航段飞行，新造的“弗吉尼业”级攻击型核潜艇也配备了12个垂直发射管，从2002年开始，美国将四艘“俄亥俄”级弹道导弹核潜艇的24个“三叉戟”D5导弹发射筒中的22个换成MK36型垂直发射系统，单个发射模块布置7枚导弹，共计装备154枚导弹，四艘“俄亥俄”级巡航导弹核潜艇一次可发射600枚巡航导弹，对中国沿海形成巨大的威胁。