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在6月30日午夜之后的某个时刻，伯格达尔把他平时的行头整齐地摆放在一起，还留下一张告别便条，然后就消失了。他没带枪，只带了水、一把刀、一部相机和指南针。24小时以后，美国情报人员截获的塔利班无线电呼叫信息显示，他们抓到了一名美国士兵。
伯格达尔刚一获释，愤怒的士兵就在杂志、电视和“脸谱”网站上讲述了他被俘后的故事。每个版本的故事都有各自不同的细节，但是人们清晰地看到，驻阿富汗美国陆军在伯格达尔失踪后立即将任务改为寻找这位开小差的士兵。
曾参与搜索行动的军官内森·布拉德利·贝西亚在野兽日报网站发表了一篇掀起轩然大波的文章。他在文章中写道：“他的失踪导致(美军在)整个阿富汗战区连日展开搜索行动。”根据贝西亚等人的说法，这些任务直接导致6名军人在战斗中丧生，这一数字无法得到五角大楼的证实。
军方官员最终得出结论：伯格达尔出于不明原因离岗，随后落入阿富汗塔利班手中，后来塔利班将他移交给了“哈卡尼网络”武装组织。有关他被俘岁月的报道令人迷惑不解。有些报道称他与抓获他的人相处得很好，其他报道则说他曾在2010年试图逃跑，从那以后一到晚上就被戴上手铐脚镣。
是什么原因让伯格达尔的自由在最近几周从无关紧要的事情变为紧迫的当务之急？政府提出了一些未具体说明的紧急健康原因。但是截至6月4日，军方没有公布来自接收伯格达尔的医院的任何细节信息。无论这样做是出于什么原因，白宫都已经在规定程序以外运作释放关塔那摩湾囚犯的事情了。