已取得一系列科研成果
截止到2012年10月，一个纵贯南北、横跨东西，探测区域从地面一直延伸到太空的空间环境地基综合监测链已经建成。子午工程已在向我国社会各类用户提供子午工程的地基观测数据，有关的空间天气模式、产品和成果。
中国的空间科学家们遵循边建设、边运行、边产出的原则，子午工程已经取得了一系列原创成果。
2010年8月，子午工程第一次监测到我国上空空间环境对太阳风暴的响应；
2011年3月，子午工程无线电设备成功监测到日本大地震后的电离层扰动效应；
2011年8月，观测到自2007年以来最强烈的磁暴事件；
2011年9月至2012年6月，子午工程利用探测数据开展的空间天气预报、现报或警报工作，为天宫一号、神舟八号和神舟九号等国家重大航天任务的成功发射提供了大量自主观测数据。
此外，子午工程在我国区域空间环境变化特征、空间天气子午线扰动和地球空间不同层次的耦合研究等方面也取得了若干项原创性成果，为航天、通信和导航等领域提供了有效的数据与保障服务。