1945年前，其他神社均归内务省管理，唯独靖国神社归陆军省和海军省管理。二战后，如何处置神社，是美军占领计划的重要内容。美国国立公文馆保存的一份1944年美国国务院“战后计划委员会”机密档案有此记载：“靖国神社等神社并非我们所认为的宗教。它们崇拜军国主义分子，培育了攻击性的国家主义精神，这样的神社违反信教自由，应当关闭。”

　　鉴于靖国神社是日本军国主义的精神支柱，因此盟军总司令麦克阿瑟准备将其烧毁，但罗马教皇代表布鲁纳 比特鲁对麦克阿瑟说：“不管是战胜国还是战败国，向为国家捐躯的人们表示敬意是人类的‘自然法’。烧毁靖国神社将是一种犯罪行为，也会在美军历史上留下污点。”麦克阿瑟接受了他的劝说。

　　但是，促使麦克阿瑟改变主意的根本原因，是美国担忧烧毁靖国神社将遭到日方激烈抵抗。在当年题为“关于靖国神社将来的见解”的机密文件中，有这么一句话：“应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。”最终，盟军总司令部于1945年12月15日颁布了以切断国家对神道的保护等为内容的《神道指令》。