不过，等到武士德川家康结束数百年的战乱时，他又引进了中国的儒家朱子学说，并改造为有利于维护武士封建等级制的意识形态，成为了德川幕府享国260年的重要思想保障。
末代将军德川庆喜（1837-1913）
等到德川幕府后期，体制僵化，不再适应时代，官方朱子学就成为了众矢之的。一方面，一部分日本儒学者宣称中国儒学早已堕落，而日本儒学才是正统。另一方面，“国学者”宣称是中国儒学导致了日本历史上的战乱与叛逆，必须回归尊奉天皇的“神国古制”，才有出路。但共同点都是：不与“中国”决裂，便没有出路。
正当思想上的“去中国”化倾向狂野生长时，第一次鸦片战争发生了，这引发了日本精英的危机感，而几年后美国海军准将佩里携战舰来到日本，要求“开国”，此时日本精英们考虑得最多的自然就是“我们不能变得和‘清国’一样”。
这个奇妙的历史时间漩涡带来的吊诡后果是，虽然和很多非西方国家一样，日本也是直接因为“西方殖民主义者”的武力（威胁）而觉醒了近代民族主义，但和大多数国家把西方殖民者作为“民族独立”的对象不同，日本是把“中国”作为自己民族独立的对象的。
在日本的近现代民族主义中，“晚清”扮演的是反派或丑角。“不能变得和‘清国’一样”的危机感，推动日本中下层武士和部分高层联合起来，推翻奉行朱子学的幕府，“恢复”了日本神话中的天皇制，开始明治维新。
随后，日本思想界开始鼓吹“脱亚”，激进的民主运动家们把认为不符合现代化发展的传统思想和行为冠上“中国的/清国的”前缀，并主张要像西洋国家一样用侵略、瓜分的方式去处置中国，认为这才算真正的“自由”与“民主”。
再往后，狂热的“西化”思潮开始降温，但新兴的日本“国民”学者与思想家，在着手建构属于日本的历史叙述与文化自觉的过程中，又要大力排除中国文化的历史印记，为了强调日本“万世一系”的政治社会“和谐”，“中国”就被塑造为权力争斗的“动乱”载体，自然晚清也被塑造为是因为“争斗”和“私欲”而衰落，以此来突出近代日本是因为“团结”与“奉献”才成功。
而与此同时，一部分熟读汉学的“东洋学者”，致力于建构“中国文化正统在本土堕落，而吸收了中国文化的日本文化更为优越”的印象，而“清朝”在这里就被塑造为“中国文化正统衰落”的原因，从而为日本侵略中国提供了“正当性”资源。