第二个大的改动就是更换了新的发动机。这次亮相的歼-35原型机的发动机采用了锯齿状尾喷口，显示其采用了新的发动机。从外形上判断大概率是涡扇-19发动机，这是与涡扇-15性能水准相当的中等推力发动机，“自推重比”达到了10，如果歼-35确定最终装备该款发动机，将获得比美国G-35更为强悍的机动性。此外，这架歼-35原型机的水平尾翼轴支撑锥延长，配合尾翼后移，减少尾翼和主翼重叠，并产生组合后移延长遮挡发动机喷管起到部分红外信号减小作用。
第三个大的改动就是歼-35针对舰载机的特殊使用需求对机体进行了部分修改。首先，发动机段的机身被抬高并呈向上弯曲，这样修改在减少飞行阻力的同时还能够提升升力，进而提高歼-35着舰时的姿态角度，避免机体与飞行甲板发生碰撞。其次，歼-35的进气道也被加宽，提高了吸气溢流减阻效果和低速环境下进气效果，保证了低速下的发动机性能，大幅降低了歼-35的降落速度。最后，歼-35的主翼襟翼被加大，提高了歼-35着舰姿态的升力和速度调整能力。这些改动显著提高歼-35在航母降落时的安全性。
除了这些较大的改动，歼-35两次较为明显的小改动，首先是座舱由之前的后翻盖改为了与F-35类似的前翻盖设计，这是由于座舱后部机背被大幅加高（减阻和增加内油空间需要），为了减少舱盖对此处内部结构空间的占用。还有就是更加粗壮的双轮前起落架，这种改动除了为弹射起飞做准备之外，也是因为歼-35比FC-31更重了，有消息称歼-35的最大起飞重量接近F-35C。