另一方面，一些生态学家质疑该项目将严重破坏生态环境。据了解，该运河计划接纳船舶的最大吨位在25万吨左右，目前候选路线有6条，涉及尼国境内5个大湖。尽管还未最终确定，但此间分析认为尼加拉瓜湖将“难逃一劫”，而该湖恰是尼饮用淡水的首要来源。尼国著名生态学者贾巴尔克罗就指出，“这么大规模的工程会严重破坏湖泊的未来，这一条线路绝对是不可持续、且对国家发展百害无一利的。”

　　对于这些质疑，HKND集团发布声明并引用董事长王靖的话称，将以“国际最佳实践标准”施工，并做好保护当地环境、遗产和文化的全部努力，该公司“在建设管理和基础设施开发方面有非常丰富的经验”。BBC称，HKND集团于2012年8月下旬才在香港注册成立，但9月已与尼政府签署合作备忘录。网站上的信息显示，董事长王靖原是北京的通信集团高层，近几年来与尼加拉瓜有密切的合作。