哈维尔上台成为捷克总统之后，中捷关系降到了冰点
不过在国际公共场合和会议上，捷克从未对“藏独”活动给予明确支持。捷克工业部发布的“2006-2010年捷克出口战略文件”认为，应该在坚持国家利益的基础上保持对华一般性政策。捷克政治精英也从未就中国的人权问题达成共识，虽然对中国持批评态度的个别政客得到了捷克媒体的大力吹捧，但引发捷中关系最大危机的其实是涉台问题而非西藏。
1995年7月，捷克总理瓦茨拉夫·克劳斯（Vaclav Klaus）在布拉格与台湾“副总统”连战私下会面，第二天，哈维尔总统“私下”接待了台湾客人。
随后总统哈维尔在10月份的联合国新闻发布会上口头表达支持台湾加入联合国，遭到中国驻布拉格大使言辞激烈的抗议。在非官方体制下，捷克-台湾的关系也在慢慢升温。随后几年，台湾成为捷克在亚洲的第二大投资来源地，仅次于日本。台北经济文化馆在布拉格还搞了一个办事处（1993年）。1996年，蒋经国国际汉学中心在布拉格的查尔斯大学（Charles University）挂牌成立。
尽管捷克为了尝试对华扩大贸易和投资，官方会把台湾问题从文件中删除，但与台北联系已经严重影响了双边关系的发展。
1980年代，捷克斯洛伐克依然施行严格的国家控制经济体系，这种经济发展模式已经越来越落后于中国。与此同时，中国已经开启了以市场为导向的改革开放。捷克的“新民主”试验与亚洲国家加强经济合作的期望产生了矛盾。
尽管1990年代的捷克政府坚决奉行新自由贸易战略，这虽然有利于他们发展与欧洲其他国家的经济关系，但对华政治上的摆荡导致捷克对中国逆差自1993年之后一直在稳步增加。2007年达到30亿美元，2009年则超过了96亿美元。
尤其是该国出口的塔特拉（Tatra）卡车及其在中国组装的零件，包括斯柯达汽车和其他机械商品。其中还有最大的合作项目：山西神头神头热电厂。捷克斯洛伐克的供应商在1980年代通过谈判，探讨了两个500兆瓦的能源合作计划。1989年11月，中国国务院总理李鹏又提出了扩大协议，1990年后，塔特拉卡车和斯柯达汽车出口成为捷克和斯洛伐克对华商贸谈判战略重点。
有捷克斯洛伐克投资背景的山西神头热电厂
1999年，捷克刚刚成为北约会员国。中国和俄罗斯在南联盟问题上反对北约轰炸塞尔维亚。2000年，经过旷日持久的谈判，双方最终签署了一揽子能源协议。神头计划由捷克出口银行提供担保，最终价格从最初要求的400万美元降低到了100万美元。
1990年代，许多捷克的制造商都试图在中国建立合资企业，但是其中大多数（尤其是以前的国有企业）都因为同样的原因而失败。中国市场供过于求，竞争激烈，让驻华的外国贸易商困难重重。有一个具体的贸易合同案例值得一提：捷克的视频监控系统品牌Vera寻求出口，引起了中国军界的兴趣。然而，这笔交易遭到了美国总统布什的亲自干预，当时的捷克总理弗拉基米尔·斯皮德拉（Vladimır Spidla）最终还是取消了该决定。