这种直排式虽说会在高速运行中被“粉碎”，然后分解，但大家都知道人粪便有大量的细菌，也含有腐蚀性成分，前者会沿着铁路沿线传播疾病，而后者则会腐蚀铁轨以及列车的部件。因此在经过重点的大桥与隧道以及进站时会将厕所关闭。

这种直排式显然是不环保也不卫生的，所以随着时代的发展，真空集便器便应用到了列车上，粪便与尿液不再排放，而是通过负压的方式，强力将污物吸入体下部的污物箱中。到规定的排污站后，通过管道和泵排入化粪池，有的输送系统上还配有破碎设备，专门对付粪污中的粗大杂物。

这些污物并不是说收集起来就可以了，收集只是第一步，无害化处理才是真正目的，这个技术其实包含两部分，一部分是污物处理，还有一部分是污水处理，第一步就是将两者分离，这个神器也就是大家熟悉的化粪池。

这个化粪池一般有两池和三池结构，首先粪水会进入第一池，经过厌氧性细菌的分解，粪便会被分解掉并沉淀形成“底泥”，这些底泥需要用强力吸污车抽走处理，并且还会伴随高压清洗车一起出动。

粪水在第一池就得到了分离，污水通过溢流口流到第二池，会在这里再次沉淀分离再到第三池再次分离，最后污水通过市政的污水管网排向污水处理厂，相对于普通的便污废水，来自铁路的便污废水中的尿液相对比较高，属于高有机物、高氨氮、低碳氮比废水，会对微生物产生毒性和抑制作用。

因此这这种便污废水需要特殊处理，早期使用传统生物脱氮工艺的反硝化作用，但在碳氮比小于3时反硝化作用不佳，造成成本过高难以处理的问题，目前中铁采用新型CRHIC-IntDN新型生物脱氮系统处理工艺处理便污废水，这个方式通过CRHIC-PN反应器进行短程硝化+反硝化，降低有机物、氨氮和总氮的浓度。另外在反应器中的厌氧氨氧化菌（俗称“红细菌”）的作用下，亚硝酸盐与氨氮转化为氮气和水，高效去除污水中的总氮，而无需投加碳源。降低了成本，增加了处理速度，使得便污废水处理效率进一步增加。