不过原本机鼻的机炮被取消，因此其自卫武器只剩下6门23-2型机炮。轰-6丁配备了自动导航系统(包括DPL-1多普勒导航雷达)和ZJ-6导弹导引系统，它被安装在机首下方，外面覆以一个大型的雷达罩，与先前其他基本型的轰-6雷达罩不同，轰-6丁的雷达罩底面较平，与以往的圆弧形轮廓有别，可以选择360°或扇形等两种扫描模式。但新雷达装置的一个副作用，则是着陆灯从平常装设于前轮的位置移动到发动机舱的下方，因为笨重的天线罩完全挡住了着陆灯的光线。1985年5月轰-6丁却都拆除了机上的自卫武器，飞机上只编制5名机员，稍后，鹰击-6L被更先进的鹰击-61取代，
1990年代初期，中苏关系解冻，中国为了加强解放军空军的战略打击潜力，曾试图向俄罗斯采购一批Tu-22M3逆火超音速轰炸机，但最后这笔交易却并未能谈成一或许是双方未能就价格达成协议，也可能是俄罗斯方面认为向中国出售如此攻击性强大的机型并不是个好主意，在更换新机无望的情况下，西飞在1990年代后期再度恢复了轰-6的生产，并回应军方的急切需求:设计一架可以从视距外发射武器的空中平台。这架名为轰-6G的轰炸机可以一次携带4枚鹰击-81或鹰击-83K空舰导弹，轰-6G的机背、机侧和机尾等处的炮塔全都被取消，被整流罩所取代。除此之外，它与轰-6丁相似的4个挂架以及机首下方的大型天线罩，都是轰-6G的主要识别特征。该型机于2005年进入解放军海军服役，逐步取代了轰-6丁，
1998年12月2日首飞的轰-6H是另一种新型导弹打击型，外观特点是如轰-6丁风格的大型机首下方天线罩，以及两个翼面下方的大型挂架，但与轰-6丁比较明显的差异，则反映在仅有少数飞机还保留机尾炮塔，大多数都已拆除，原本的机腹炮塔更被大型整流罩取代，轰-6H可携挂两枚KD-63或K/AKD-63巡航导弹，让解放军空军首度获得战术精准打击能力，KD-63使用惯性/GPS中程导航，并装有电视导引头以进行终端导引，因此在飞机后机身下面的整流罩中装配着导弹导引天线。