在2017年引发网民热议的深圳鹦鹉案中，二审时律师就曾针对鉴定结果有效性提出质疑。案发后，公安机关第一时间将罚没鹦鹉送往野生动物救护中心托管，其后鹦鹉被分类混养后调出进行司法鉴定，辩护人认为被鉴定的鹦鹉存在极大混淆可能。“这里提出了一个很现实的问题：动物被送去托管混养后，你能证明被鉴定的个体还是送进去的那一个吗？真的很难。”顾雪龙说。
罚没动物死因鉴定也很复杂。罚没动物死亡常是多因一果，捕捉、运输、罚没、托管均可能造成应激死亡，也不排除动物本身存在慢性疾病、饲养不当或不适合人工饲养等。若死亡原因无法说清，被告人是否应对动物死亡承担责任就值得商榷。在上文提到的小熊猫案庭前会议中，辩护人对其死因提出质疑，认为被告人对此不应负直接责任。郑佳俊出具的解剖人员笔录作为证人证言被法庭采信，法院认为“被告人应对动物死亡承担主要责任”。
该案中还存在一个困惑——解剖人员并不具备司法鉴定人资格，他的分析意见是否具有证据效力？死因鉴定需要解剖才能完成，专程找专家来进行，在操作上是否现实？郑佳俊说，“虽然这个案件中解剖人员分析意见被采纳，但毕竟是个例。”
托管的“成本”
“侦查机关不得在诉讼程序终结前处置涉案财物”——2017年《最高人民检察院公安部关于公安机关办理经济犯罪案件的若干规定》中明确规定。对于普通经济犯罪，这则规定保障了证据的稳定性。对于活体野生动物案件来说，这些动物在办案流程里“停留”的时间，变得“不太可控”。
司法鉴定后，离案件办结还有相当长的时间。于是托管难题接踵而来，找托管单位难，托管费用也难落实。
在黄庆、何力跨省收购、运输、出售国家重点保护野生动物一案中，民警王安还在黄庆的“客户”家搜出四只活海龟。回程途中，为了找托管单位，王安一连打了十几个电话，“按照嫌疑人交代和我恶补的海龟知识，有三只很可能是玳瑁海龟，海龟都是二级保护动物，但玳瑁在国际濒危目录里是‘极危’，我们不敢带回所里，担心自己养不活！”几经辗转，总算联系到一家持有饲养水生野生动物经营许可证的私营潜水中心接收海龟。
民警王安将海龟放在收纳箱中，送到潜水中心。
苏州市检察院第一检察部的杨诗文是徐江走私鹦鹉案的公诉人，她清楚地记得海关缉私局民警为鹦鹉托管问题与她讨论多次。该院第四检察部主任、全国检察业务专家王勇也接到海关缉私局的求助电话。几经协调，鹦鹉终于在经司法鉴定后“入住”了苏州市野生动物救护中心。