（巴西航空工业公司研制出C-390作中型运输机，以取代C-130运输机。）
2008年3月，巴西政府投资6000万里亚尔（3300万美元）为巴西空军开发中型运输机，并同意购买约22至30架飞机。此外，巴西议会于5月决定投入8亿雷亚尔（约合4.4亿美元）用于运输机开发项目，并决定引进巴西空军以及海军、陆军和一些政府机构。2009年4月14日，巴西航空工业公司与巴西空军签署了两项原型机的开发协议，采用IAE V2500涡扇发动机，这是一种来自美国国际航空发动机公司（IAE）的111千牛级发动机。
C-390的第一架原型机于2014年10月21日从巴西航空工业公司位于圣保罗的工厂举行了出长仪式，并于2015年2月3日进行了飞行。然而，巴西航空工业公司在2015年7月宣布，飞机测试计划将推迟约两年，直接原因是巴西货币贬值导致政府预算支出减少。然而，第二次试飞于2015年10月26日成功进行。到2016年2月，整体试飞进展顺利，共飞行100小时。巴西航空工业公司随后进行了地面振动测试，导航任务设备、起落架，电气和液压飞行控制系统（FCS：飞行控制系统）测试。2号机于2016年3月出厂，并于4月28日进行了试飞。
2018 年 5 月， 1 号飞机在起飞时偏离跑道。2017 年 10 月，同一架飞机在飞行过程中出现异常，导致高度下降。随着开发的继续，问题逐渐浮出水面。2018 年 10 月 6 日，1 架量产飞机成功进行了飞行。量产1号机组原定于2019年上半年交付巴西空军，但制造商方面变更了在认证程序结束后交付的日程，于2019年9月4日交付，随后部署在巴西空军第一兵力运输团（1st Troop Transport Group，GTT），部署在安纳波利斯基地。
（一架KC-390运输机于2018年从英国潘伯勒航展起飞）
2011年4月，巴西航空工业公司预测C-390十年内销售数量可以达到695架。