国界线还是岛屿归属线？
除了在国际上饱受争议，段线是什么？段线在哪里？这样的问题，在中国内部也并不清晰，并且不断变迁。
共产党夺取大陆后，继承了1947年的十一段线，只是去掉了北部湾中越之间的两条线后变成了九段线。数十年来，段线的位置不断细微调整，新、旧线各段的位置并不完全重合。根据国家海洋局海洋发展战略研究所研究员贾宇的研究成果，这些变化的情形有：
新、旧线相互衔接，顺时针方向位移，如西部首段；新旧线相互平行，有外扩，如南部曾母暗沙附近；新、旧线相互平行，有内缩，如吕宋岛东、万安滩西；新线在旧线的延伸线的位置上，如东南海域处；关键区域新、旧线位置完全改变，如台湾岛东南处。
此外，旧线各段长度较长，一般在130—210公里之间，且长度变化较大，不规则，新线长度较短，一般在120—130公里之间，长度变化不大，较为规则。调整之后，新、旧线之间的距离最近的为18公里左右，最远的333公里左右。
2001年国家测绘局编制的《中国国界线画法标准样图》(1：1000000)，确定了“段线”的官方画法。根据这一标准，其中6段为弧线，3段为直线。
不过，不论是之前的民国政府，还是现在的中共政府以及迁台后的国民党政府，至今没有任何官方说明，解释段线为何物及其确切坐标，始终是“有图无解释”。再加上中共政权继承的是11段线而非同期出现的连续实线地图，对于1947年地图上以国界线表明这一历史事实，至今也始终不置一词。段线的性质甚至称谓，也众说纷纭，原本清晰的国界线，变得模糊不堪。
学术界对段线性质的解读主要有四种：
段线内岛屿及附近海域归属中国，是中国领土的一部分；
段线是“历史性所有权”的范围线，中国要求的是线内的历史性权利， 包括岛、礁、滩、沙的主权和海域一切自然资源的主权权利，保留他国航行、飞越、铺设海底电缆和管道等三项自由；
段线是“历史性水域线”，线内的整个海域是中国的历史性水域；
段线是国界线，线内属中国，线外属邻国或公海。
从官方来讲，两岸关于段线的说法，也无法统一。1989年7月，台湾“内政部”设立了一个特别委员会，负责丈量领海的基点和基线，并设立另一个协助起草中华民国专属经济区法和领海法的特别委员会。两个特别委员会提出了“历史性水域”概念，但委员会成员之间对此存在分歧。
大陆这边则一直强调对南海诸岛的主权。1958年9月4日的《中华人民共和国政府关于领海的声明》规定，直线基线法和l2海里的领海宽度同样适用于东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛和南沙群岛。1996年5月15日《中华人民共和国关于领海基线的声明》则划定了西沙群岛领海基线。使用直线基线围绕西沙群岛诸岛形成封闭型的折线圈。
但对于南海海域，尤其是九段线，则从未予以任何说明。中国政府始终表示保证外国船舶、飞机在南海国际航道的航行、飞行自由和安全。这一立场被认为是证明了段线内的海域，并未被认为是本国领海。
实际上，自1947年段线划定以来，国际船只在南海的航行也一直未被中国方面制止。而中国政府对西沙群岛领海基线的划定，更从侧面证明这一点：如果九段线内是领海，那么西沙群岛没有必要再划定领海基线。
这令各方都陷入困惑。一些人主张官方尽快明示九段线在划界中的地位和作用，认为这是一个绕不开的问题。