银河麒麟OS
三年后，国家“核高基”重大专项启动。麒麟系统项目获得工信部支持，得以继续迭代。在孔金珠等人的强力要求下，研发团队选择定调初锋芒的Linux内核，并基于Linux内核迅速开发出了全新的银河麒麟。
重要的是，孔金珠团队在新银河麒麟系统中，加入了多种独立开发的组件，实施了自主可控的深度优化，主流软件只要稍微适配，就能以更快速的跑在系统上。用孔金珠的话说，“这就像上了高铁”。
此前，中国政府已在尝试大量进口系统的替代工作，但“四不像”的麒麟无法承担这一重任。而在基于Linux的银河麒麟发布之后，各个党政军重要机关，才真正开启了操作系统国产替代的大潮。
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世纪之交，政府扶持国产操作系统时，也鼓励民营企业开发拓展。1999年7月，信产部组织“Linux未来发展”研讨会，决定加大力度推动Linux在中国的普及与应用。随后，高峰期国内出现三四十家Linux开发公司。
刘闻欢（Deepin）
当时刚大学毕业的刘闻欢（Deepin）和冷罡华（Hiweed），也想做出属于国人自己的Linux系统。但刘闻欢认为开发环境还不成熟，而且自身资源有限。于是他跑到北京参与了创建绿盟科技，同时开始等待时机。
然而，冷罡华迅速沉醉其中，把市场上Linux发行版几乎全摸索、套用了个遍。2004年，他利用工作之余，开发出中国第一个基于Debian的本地化版——Hiweed Linux，但在迭代五个版本后突然“消停”。
机会属于有准备的人。2008年，已经“不差钱”的刘闻欢归来。他联合冷罡华重新启动了Hiweed Linux项目，并把项目名称改为Linux Deepin。紧接着，他们在国内发布了深度（Deepin）操作系统第一个版本。
深度操作系统
最初，深度系统有三个明显特征，定位社区化公益项目；团队成员基本都是兼职；研发资金一直靠刘闻欢自掏腰包。由于团队只有投入没有产出，以至于税务机关一度怀疑他们涉嫌洗钱，而上门检查。