然而，就在孙玉芳多维出击、风生水起时，红旗Linux的一些软件问题依然没有太大改善。其中一个“要命的问题”是：基于Linux的国产办公软件，包括Red Office、永中、WPS，与微软文档格式无法兼容。
此外，微软放纵盗版软件盛行，进一步导致红旗Linux系统鲜有问津，在C端市场举步维艰。雪上加霜的是，董事会要求孙玉芳在三年之内要有回报，但中科红旗背景特殊，融资、上市均有限制。
孙玉芳
2001至2003年，中科红旗均未实现盈利。噩运接踵而至，孙玉芳在重压下积劳成疾，于2005年突发脑溢血去世。随后，公司连续曝出各股东意见不一、管理不善、资金链断裂等一系列问题。
中科红旗自此一蹶不振。2014年，大连五甲万京接盘中科红旗，价格是3862万元。这家公司的董事长孙凯歌说：红旗是中国计算机操作系统的旗帜，不能倒。如果旗帜被人推倒了，失去的将是对整个产业的信心。
09
随着信息技术危机意识不断加强，中国也致力于军用操作系统研制。2001年，国防科大接到863计划重大专项任务：开发国产操作系统。当时只是助理研究员的孔金珠，“死皮赖脸”跟上级申请，加入了项目组。
孔金珠
面对全球“群雄争老二”的局势，专家组最初难以定夺开发操作系统的路线。经过大半年讨论，他们决定采用“四合一”技术，把Mach、FreeBSD、Linux和Windows的优势，互相整合在一起。
然而，一个系统内核平均就有400万-500万行代码。为了把不同的技术架构做成一个系统，孔金珠和同事们拼了命，足足经历四年“折腾”，才最终完成研发。由于系统“四不像”，专家组取名“银河麒麟”。
不过，整合多个系统的弊端迅速显现，适配新软件和硬件的过程艰巨到难以想象，一些专家甚至有力也无处使。另外，FreeBSD日渐没落，Mach微内核架构也被主流市场放弃，几乎没有社区帮助开发代码。
这时孔金珠已成为银河麒麟研发工程师，但十分忧虑“麒麟”的未来。2006年后，银河麒麟历经技术动荡低谷，一些科研人员选择离开。但孔金珠最初的热情并没有消退，依然选择坚守阵地。